Le programme de travail 2023 du FED porte sur 34 thèmes structurés autour de quatre appels à propositions thématiques, ainsi que de trois appels axés sur les technologies de rupture et les PME. Il cible les technologies et les capacités de défense conformément aux priorités  des États membres comme elaborées dans la Boussole Stratégique de l’UE.

En outre, le programme de travail 2023 introduit des nouvelles mesures visant à promouvoir l’innovation en matière de défense dans le cadre du programme de l’UE pour l’innovation dans le domaine de la défense  (EUDIS), telles que l’organisation de hackathons, le soutien financier aux organisations pour le développement de pôles d’innovation et le soutien à la poursuite de la recherche financée par le secteur civil afin de tester son applicabilité pour les utilisateurs militaires.